貝類標本數位化工作流程指南
Tags: none 發表: 2008-06-10, 點閱: 34,594 , 加入收藏櫃 ,
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(資料來源：中研院「台灣貝類資料庫」提供；
網址http://shell.sinica.edu.tw/chinese/index_c.php)
(一)貝類的分類
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我們常見的九孔、笠螺、寶螺 的大家族。從外表來看，它們在形態上有很大的差異，但基本的身體構造則是相同的，它們均有柔軟、光滑、濕潤而不分節的身體。主要由內臟團、外套膜及足部所構成（大部分種類也具有貝殼及頭部）。根據貝殼的數目、鰓的構造、神經的結構及體制的型式等重要特徵，目前較合理的分類系統是將軟體動物門分為八個綱。
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體呈細蠕虫狀，頭與軀幹可清楚區分，體後端有排泄腔，其內有一對羽狀鰓。無石灰質板及貝殼，但被有角質並帶有石灰質針狀棘的外皮。生活在較深的軟泥底環境海域，如毛皮貝(Chaetoderma)。
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尾腔綱 (Caudofoveata)
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溝腹綱 (Solenogastre)
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體亦呈蠕虫狀，有肥短形或細長形。口和排泄腔分別位於體之前、後端，但本綱的腹面有一縱溝，因而得名。無石灰質板及貝殼，但被有角質並帶有石灰質針狀棘。有的種類與珊瑚生活在一起，也可生活在較深的軟泥底環境海域，如中國南海的龍女簪(Proneomenia)。
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身體橢圓形，背面有八塊殼板，左右對稱，口與肛門分別在身體腹面的前、後端。有些種類的體背面還有角質層或石灰質的鱗片、骨針或角質毛。體腹面有大形的足，全部為海棲種類，主要生活在岩礁區的縫隙中。本綱物種俗稱為石鱉 (Chiton)
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多板綱 (Polyplacophora)
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單板綱 (Monoplacophora)
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一九五二年丹麥探險船《銀河號》在中美洲哥斯達黎加西側太平洋，三千五百七十公尺的深海採到拾枚約三到四公分的笠形活貝。腹面有五對鰓及腎管，口與肛門分別在身體腹面的前、後端。直到一九五七年才被正式命名為新笠螺(或稱為新帽貝) Neopilina galatheae (Lemche, 1957)。這是早於三億五千萬年前，體有分節，但已經絕滅的古笠螺(Pilina)的近親，故被視為活化石。 |
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這是一小群兩端開口，殼呈象牙狀的底棲砂泥環境的海水性貝類。頭部退化，但足部發達呈錨形的圓柱狀，可以用來潛砂，通常是在砂泥灘海域環境生活。本綱物種俗稱象牙貝或角貝。
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掘足綱 (Scaphopoda)
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雙殼綱 (Bivalvia)
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種類約有一萬五千到兩萬種，具有雙殼，為本綱共同特徵。多數種類的鰓呈瓣狀，被稱為瓣鰓類﹔大部分的足為斧狀，也叫斧足類。本綱動物身體左右對稱，常見的日月蟶、牡蠣、文蛤、橫簾蛤、臺灣蜆、竹蟶及西施舌等，均是本綱常見的代表種，也是養殖的食用性重要經濟貝類。
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種 類佔軟體動物門的四分之三(約八到九萬種)，如九孔、笠螺、寶螺、蝸牛、蛞蝓及鳳凰螺等，因為腹面的足部非常發達，故而得名。本綱動物在幼生期會有扭轉 (Torsion)現象，而形成左右不對稱。腹足綱幾乎遍布全世界，上自高山，下到深海﹔南、北極到赤道﹔淡水到海水的環境等都可發現。九孔、非洲大蝸牛 等具有養殖潛力，食用經濟價值也很高。
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腹足綱 (Gastropoda)
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頭足綱 (Cephalopoda)
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具有發達的頭部及雙眼，頭部上長有八隻(章魚)、十隻(烏賊)或九十隻左右(鸚鵡螺)的觸腕，而真正的足則特化為本綱特有的“漏斗”。全部生活在海洋中，大都能作快速而遠距離的游泳活動，頭足類產量也是所有水產漁獲中經濟價值最高的。
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軟體動物門的代表性物種簡圖及其類緣關係
（改繪自 Salvini-Plawen and Steiner, 1996）
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腹足綱和雙殼綱的總和，已然約佔軟體動物的百分之九十左右，因此建立正確觀察腹足綱和雙殼綱的觀念，是認識貝類的首要課題。
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| 腹足綱的觀察
手持貝殼，殼頂向上，殼口面向自己，如果殼口在殼軸的右側，則此貝殼稱為右旋螺(Dextral shell)﹔反之殼口在殼軸的左側，則此貝殼稱為左旋螺(Sinistral shell) 。或者手持貝殼，殼頂向上，觀察殼頂的螺紋，如果螺紋是順時鐘旋轉，則為右旋螺﹔若螺紋是逆時鐘旋轉，則為左旋螺。 |
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| 雙殼綱的觀察 將兩殼完全閉合，殼頂向上，自己觀察殼的後端(有外韌帶的一方)，此時在右邊的殼稱為右殼﹔在左邊的殼，則稱為左殼。或者觀察殼的內面，使殼頂向上，如果 套線彎(Pallial sinus)在右側，則此殼為右殼﹔如果套線彎在左側，則此殼為左殼。 |
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(三)正確觀察貝殼的方法
正確測量貝殼方法是研究貝類的第一步驟，建立正確而客觀的測量方法，才能獲得完美而合理的結果。
殼長(Shell length)﹕兩殼完全閉合時，由殼的前端到殼的後端最長水平距離。殼高(Shell height)﹕兩殼完全閉合時，由殼頂到腹緣的垂直距離。殼寬(Shell width)﹕又稱為殼幅，兩殼完全閉合時，左右兩殼的最寬距離。
腹足綱的測量
殼長(Shell length)﹕由殼頂到前水管的垂直距離。殼寬(Shell width)﹕在殼口面上，殼的最寬水平距離。
(四)貝殼的各部位名稱
當熟悉正確觀察貝殼及統一測量貝殼的方法之後，還要瞭解貝殼的各部位名稱，才能利用分類檢索表將貝殼一一加以鑑定與分類。
腹足綱各部位名稱
壹、數位機背
(一)拍攝作業：
1. 相機架好，貝殼在平台上以黏土固定好欲拍攝的面向(如殼口、殼面、殼背等)，重點是凸顯貝殼的型態表徵，可正確的辨識此標本的類別。
(二)拍攝注意事項：
1. 光圈、快門與焦距(較花時間)，先訂定白平衡，一切設定完畢即開始拍攝。在學術研究上較重視要項是貝類的特徵與花紋，色彩尚是其次，加上貝殼體積過小，故不使用色彩導表。倘若貝殼的體積或色澤差異性大，每拍攝一張都要作調整光圈、快門與焦距的調整，力求影像清晰。
2. 部份貝殼表面光滑，在拍攝過程容易產生反光的問題，這時候只能以拍攝的光源(光箱)去作調整，以解決反光的困擾。
3. 因是平面攝影，故需拍攝貝殼的幾個面像才能明顯地展示其型態表徵，基本 上會依照貝殼的構造與型態，去決定拍攝幾個面像，取2、3或4張影像檔。
圖例：
一、Lunella coronata 珠螺
二、Baryspira mammilla 乳頭彈頭螺
1. 建置貝類後設資料時，須填入貝殼的長度、寬度。使用「測微器」測量，精確度高。測量長度的工作步驟可依單位的管理作業去進行；拍攝前測量登記，或者拍攝後在建置後設資料前測量，馬上將長度資料建檔。
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貳、立體顯微鏡
(一)針對體積過小，如小於0.5公分的貝殼，無法利用相機拍攝，建議使用顯微攝影機進行拍攝，機器設備架好之後，光圈、焦距調整好。由於貝殼體積較小，用夾子調整貝殼的方向與方位，要凸顯貝殼的特徵，把它放置於拍攝容器的正中央。
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拍攝主體過於微小，又要兼顧到其表面特徵，故拍攝作業相當耗時；尤其不容易在焦距調整
因貝殼體太小，固在拍攝時，必須連續拍攝好幾張，由於是連接電腦操作的，拍攝後可馬上檢視影像效果，再利用軟體組合影像，讓各個角度都能夠清楚呈現，Discovery. V12具有相當高的分辨率與超強對比，故可以產生效果非常好的圖像。
(二)困難點：倘若貝殼主體高低部分差距越大的話，產生的影像畫面清晰度會有落差，拍攝難度高，亦較耗時。
(三) 影像處理方式：
1. 使用Photo Impact軟體
2. 去背 (背景是黑絨布)
3. 若歪斜就設法調整扶正
4. 基本上不用銳利化，但輪廓要清晰
影像檔調整3種檔案：
1. 寬-36px / 寬-320px
2. 高/長-48px / 高-212px
(四)立體顯微鏡構造介紹：
資料來源：http://www.ticgroup.com.tw/menu/products/mea/microscope_3d/stemi%202000/stemi2000.asp
Discovery. V12為ZEISS 公司產品，平價、高性能。
• 立體感佳，高解像力，色彩不失真。
• 工作距離可達 286 mm 。
• 燈源採用鹵素燈源，壽命長。
• 可接 CCD TV 及照相。
• 放大倍率可達 225 倍。
功能：利用電子顯微器(CCD)來代替傳統的目鏡與物鏡，再以影像擷取系統取得影像，以達到放大之效果，使試片顯現出材料表面之狀況，在此，可以看出材料之變化與顯微結構。
(Zoom Browser EX)調整放大的倍率
立體顯微鏡可接CCTV進行拍攝或觀察一些細微的構造。
蔡式相機(Zeiss Bundle) 700萬畫素Power Shot G6 8~90萬
Canon相機附的軟體
資料來源：數位典藏國家型科技計畫–數位典藏計畫後設資料工作組
參考網站：http://www.sinica.edu.tw/~metadata/index.html
階段一：需求評估與內涵分析
程序1：需求訪談
後設資料分析人員訪談主題計畫之內容專家或提供者，以了解計畫屬性與其後設資料需求。除了獲取計畫背景資訊、協調聯絡方式外，並與主題計畫確認計畫的目的、目標及預期效益。此階段取得的資訊主要有：
• 聯絡資訊：如計畫成員、聯絡窗口及方式等。
• 後設資料預計進度和時程。
• 後設資料範圍：後設資料的目的與屬性，如描述人、事、時、地、物，或詞彙控制等屬性。
• 現有系統的基本資訊：如欄位（或元素(Elements)）、結構、建檔數量、儲存格式、輸入方法與系統等，以有效了解目前系統的優缺點。
• 後設資料應用背景：採用單一後設資料為資料庫結構或利用其他輔助的後設資料系統，如地理空間資訊系統（GIS）。
• 後設資料的角色及功能：如資源的描述、檢索、索引或管理等功能。
程序2：計畫相關標準與個案觀察
分析相關的後設資料標準及其應用個案，評估應用標準實作的可能性。在標準觀察方面，應用「後設資料標準評選模式」從社群、資料、學科、功能四個層面分析主 題計畫的屬性，歸納是用的後設資料類型。在個案分析方面，則蒐集國際上相關的數位圖書館計畫，了解其後設資料的應用趨勢和議題，以作為未來實施與發展的參 考。此階段分析的成果，將有助於主題計畫了解與其他同質或相似計畫間的差異，藉以修正計畫規劃的方向。
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社群
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圖書館、檔案館、博物館、標本館
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資料類型
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拓片、善本古籍、照片、聲音、標本、檔案、田野資料、織品服飾、科技文物……
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學科
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文學、人類學、物理治療、歷史、政治、動植物學、藝術、佛學、礦物、化石、工業技術、語言
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功能
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整理、搜尋、檢索、管理、描述、交換、利用、保存、國際接軌、形成完整數位典藏系統
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程序3： 深入分析後設資料需求
藉由以下工作表單，更精密地分析計畫的後設資料需求：
1. 後設資料元素需求表單，包括元素名稱、定義及著錄規範。
2. 後設資料元素代碼表，如控制詞彙。
3. 後設資料著錄範例。
4. 後設資料元素屬性，包括資料型態、必填性、多值性等。
5. 後設資料的唯一識別系統(Unique Identifier System)。
6. 資料層級關係圖，以結構圖方式表達物件間的層級與關係性，如區分檔案資料的全宗、系列、卷、件等層次。
7. 後設資料元素關係圖（Association diagram），分析後設資料元素間的群組性與串連關係。
8. 功能需求，如輸入與顯示中文和日文字形、欄位預設值、連結功能等。
9. 資料查詢與呈現需求，包括不同層次的檢索（如關鍵字查詢、進階查詢）與呈現（如簡要顯示、詳細顯示）。
10. 後設資料管理需求，如建檔流程與權限控制。
上述工作表單的功能主要有：
• 由關係圖了解不同後設資料類目的範圍、關聯、關係性及屬性。
• 確認後設資料機制整合的系統或資料庫範圍，如結合地理空間資訊系統（GIS）。
• 取得主題計畫的應用實例，做為後續參考規範的基礎。
程序4：確認後設資料策略暨標準間的互通性
利用之前的研究發現，建議主題計畫採用的後設資料策略，如採用單一或複合的後設資料標準；或以既有的後設資料標準為基礎，發展適用的後設資料格式。
階段二：後設資料功能需求書
程序5：研製後設資料功能需求書
後設資料功能需求書的目的，即為了做為主題計畫、後設資料分析、系統開發三方面溝通的橋樑，使促不同專業領域達成共識。其內容包括：需求書的版本與管理資 訊、計畫背景、參與人員、系統目標與範圍、採用的標準、後設資料元素與結構、後設資料元素屬性（如名稱、長度、資料型態、系統主鍵等）、輸出範本、相關標 準的比對、系統範圍關係圖、系統功能需求（如中文、日文字型的輸入與顯示）、控制詞彙或代碼清單、XML DTD等。總結需求書的功能，主要有：
• 供主題計畫確認其後設資料需求。
• 後設資料工作組與系統設計人員之間溝通的依據。
• 主題計畫修正後設資料系統和功能的依據。
• 參考規範（Best Practice）及後設資料標準對照機制的基礎。
程序6：後設資料系統評估
評估後設資料系統發展的可能性，以利主題計畫決定採用同質或相似計畫的系統，或自行發展，或採取與其他組織團體（如大學或業界）合作等方式發展其系統。
階段三：後設資料系統
程序7：研製參考規範（Best Practice）
參考規範的目的：包括後設資料元素應用指引，或提供計畫應用標準的檢核表與參考資料，或控制後設資料記錄品質的手冊等。參考規範內容應包括後設資料元素定義、著錄原則、系統建議、著錄範例，及其他相關後設資料標準的對照項目等。
程序8：發展後設資料系統
至此階段，已完成後設資料發展任務，進入系統開發程序。系統開發任務在於開發符合需求書的後設資料系統與工具。開發期間，為促使有效的系統設計，主題計 畫、後設資料及系統發展者之間的參與成員，應持續交流與討論意見。待系統雛型完成後，主題計畫與後設資料分析人員雙方，亦應回覆系統測試與評估的結果，供 系統人員修正的參考。
階段四：服務與評估
程序9：後設資料服務
為控制後設資料機制的品質，本組依服務模式涉入的角色、關係與服務項目，規劃「後設資料服務模式」：
服務機制：
• 提高使用者介面、與主題計畫或使用者相關功能的利用價值。
• 支援諮詢：提供主題計畫成員有關後設資料及內涵分析方面的諮詢。
• 修正後設資料系統功能：如依主題計畫系統測試結果，提出系統的功能修改。
• 建立後設資料標準的互通機制，如標準對照（Crosswalk）、meta-search等。
• 提供與採集(harvesting)後設資料記錄，以促使後設資料的互通。
• 完成現有記錄、計畫需求欄位和採用標準元素之間的對照，供系統設計者參考。
• 發展中文版本的後設資料標準。
角色： 涉入的成員包括主題計畫中的使用者（一般或內容專家）、系統設計者，以及後設資料工作組。
關係： 包括直接與間接的關係。直接關係存在於後設資料工作組與一般使用者、內容專家以及系統設計者之間；間接關係則存在於一般使用者、內容專家以及系統設計者三者間。
程序10：後設資料作業評估
依據主題計畫的需求，檢視後設資料整體實施程序和效益，評估要項有：
• 後設資料記錄的品質：包括完整性、準確性、資料(record)類型、資料層次(granularity)和資料的利用性（serviceability）。如從決策和程序二方面，評估後設資料檢索品質。
• 採用標準對於檢索的效益：如從題名、創作者、主題三項欄位，評估檢索的效力與精確度。
• 後設資料產生工具的使用性：如評估後設資料工具的發展效益，及後續設計的重點。
• 確認每一作業程序實施效益：確認主題計畫是否認為有再次實施某一程序的必要性，如再深入了解後設資料的需求。
<目錄>
貝類標本數位化工作流程 (1.7 MB, 2,143 hits)
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