林業試驗所植物標本館自1904年成立迄今，館藏標本量已逾33萬份，種類涵蓋台灣維管束植物90%以上，其中還包括了植物學名發表引證之模式標本1,700餘份，以及蒐集自東南亞、日本及太平洋諸島的標本。館藏標本長期提供國內外學者作為學術研究之基礎資料來源。

本館從93年度起持續將典藏標本之影像資料數位化，並建立採集描述資訊後設資料庫，使資料能夠系統化地被永久保存。除了一般館藏標本之外，本館典藏模式標本也陸續完成了影像數位化、後設資料建檔，及其發表原始文獻的後設資料建檔和數位化影像掃描。96年度本館完成了543張館藏古老玻璃底片之影像數位化及其後設資料之建檔。

除了標本資料庫之外，藉由持續累積的各式數位資料及數位化物件，本館陸續建置完成其他相關學術資訊資料庫，如︰模式標本影像及文獻資料庫、微縮影片目錄資料庫…等。本館網站更提供資訊查詢網頁，提供其他學術單位及研究人員更便捷之網際網路遠距查詢，冀使數位資源能被更廣泛地運用，並減少標本借閱運輸所產生的損害風險。未來更期藉由資料管理技術及高速網路通訊，嘗試與其它標本館合作進行多方面之資訊整合分析。

林業試驗所植物標本館的標本數位化作業，從2000年開始著手初期構想規劃，2002年館藏標本資料庫雛形完成，開始進行初期運作並持續改版修正。

至2004年正式進行數位典藏計畫，除了之前的採集描述資料建檔外，並加入標本數位化影像的掃描作業流程。本館典藏標本資料庫採行網際網路資料庫架構，以關連式資料庫系統搭配動態網頁式的使用者界面，提供工作人員進行資料建檔。建檔欄位除涵蓋一般植物標本採集標籤通用的欄位，包括植物學名、採集人員、日期、採集號、採集地點、生育地描述、海拔高度、物候、數量…等，另針對植物標本館典藏管理作業所需，建置標本標籤訂正資料庫以及標本流通資料庫，可提供標本館工作人員進行標本學名訂正記錄，以及館藏標本借閱/交換歷程之資訊建檔保存。

此外，本館標本資料建檔，特別針對植物學名、採集/鑑定人員、採集地點三項欄位，另外建置專屬資料庫，藉此讓建檔人員進行上述三項欄位的資料的輸入時，可直接以點選界面方式點選專屬資料庫內的學名/人員/地名資料後將資料帶入欄位，不僅提升建檔速率及效率，更藉此大幅降低人員誤按鍵盤所造成的資料錯誤。