國立台灣博物館館藏貝類腹足綱中腹足目標本數位化計畫
Tags: 影像, 數位化, 數位化工作流程, 檔案, 生物, 資料庫 發表: 2009-11-05, 點閱: 4,357 , 加入收藏櫃 , 列印 , 轉寄
計畫單位:國立台灣博物館-典藏管理組
計畫主持人:方建能副研究員
計畫名稱:國立臺灣博物館館藏貝類腹足綱中腹足目標本數位化計畫(Digital Archives Project of mesogastropoda mollusks)
在94年度的《國立臺灣博物館館藏貝類模式標本及淡水貝標本典藏數位化計畫》中,已將本館典藏管理組所蒐藏之貝類模式標本(貝類模式標本正模39種39件,副模2種2件)及淡水貝標本共80種810件數位化。有鑒於數位化之物件能有更長之生命週期,以及較佳的資訊利用效益,因此繼而在95年度提出《國立臺灣博物館館藏貝類腹足綱原腹足目標本典藏數位化計畫》共計完成原腹足目貝標本共125種1242件數位化。
本館在96年度執行腹足綱中腹足目標本數位典藏工作,以作為本館加入典藏計畫之基礎。計畫原計將完成18科233種1461件標本之數位化,但於執行計畫時,發現因標本年代久遠,分類系統大多有所更動而有不同,故與實際成果有些許差異,總計完成30科181種1461件標本之數位典藏工作。
中腹足目(Mesogastropod )的分類地位是20世紀初德國軟體動物學者賽勒提出,近代軟體動物系統分類的研究大多依循這個系統,然而1980年代許多深海的物種陸續被發現,加上解剖學及分子生物學的相互印證,目前Beesely (1998)及Okutani (2000) 兩位學者將原來的中腹足目的成員再細分為盤足目(Order Discopoda)、主紐舌目(Archiraeniograssa )、異足目(Heteropoda)及翼舌目(Ptenoglossa),因此本年度工作以舊制中腹足目(Mesogastropod )分類系統種類為主。
由於電腦科技的進步,影像之數位資料的處理與儲藏已變得較過往更有效率。配合網路資料庫之設計、運作及連結,除可與各國內外學術團體、單位進行資訊交流與學術討論研究外,更可加強民眾對本館的了解與認同,在教育解說方面亦有重大貢獻。
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本計畫網站:http://irs.ntm.gov.tw/SP_bl_96.htm
本館典藏數位化計畫檢索系統網站:http://irs.ntm.gov.tw/search/index.jsp?dept=2
本館典藏管理系統網站:http://irs.ntm.gov.tw/cms/
國科會數位典藏聯合目錄網站:http://catalog.ndap.org.tw/dacs5/System/Main.jsp
標本的鑑定由計畫共同主持人,目前任教於高雄醫學大學生物醫學暨環境生物學系的邱郁文助理教授協助鑑定。邱教授其為國立臺灣大學動物學研究所博士,專長為濕地生物及生態、軟體動物學、演化生態學,並為中華民國貝類學會之會員,是國內知名的貝類專家。
圖 1、標本保存方式
由計畫主持人方建能博士與計畫共同主持人邱郁文助理教授,共同整理及鑑定本館貝類標本典藏之數量及物種,進而依其重要性與完整性規劃數位化清單之順序。本年度中腹足目(Mesogastropod )的分類地位是20世紀初德國軟體動物學者賽勒提出,近代軟體動物系統分類的研究大多依尋這個系統,本館中腹足目標本數量及種類相當完整,故據此提出本計畫。
圖 2、數位化清單
本計畫中進行數位化的資料具獨特性;因此得明確地為每一件資料建立如「身分證」般之記錄,比起圖書館處理日常購置的一般書籍之書目記錄,更需要特殊的專業知識。為了達成為特殊典藏的每一標本建立清楚的識別記錄之目標,本計畫係以建置Metadata為方針。所謂Metadata,即標本的「後設資料」;透過詳細的欄位設計,能夠對資料或標本給予具體而微的描述。而針對不同類型的資料,採用適當的Metadata格式建檔。因此Metadata之建置,有助於未來將Metadata整合於資料庫中並提供使用者檢索查詢。後設資料建立流程如下圖所示:
表 1:後設資料建置流程
本計畫資料內容之輸入建檔作業因為可能需經數人進行作業,故需擬定建檔規範,以期各資料檔的格式確保一致性。製作成excel表格後委請本館電腦查詢系統管理者代為批次建入典藏系統中。
圖 3、後設資料Excel表單
檔案命名依標本於本館之典藏號碼為其名,例如A部份大多為腹足綱,B為雙殼綱…;“#”為標本的數位化檔案之數量,例如A0008#001。
圖 4、檔案命名方式
(一) 標本提領
為維持標本安全及不被損傷,一次提領量約30至40件,即一天能拍攝完成的數量為限。
圖 5、至館藏室提領標本
(二) 標本清整
因貝類標本體積一般均不大,為避免戴上手套無法拿穩標本,而導致標本之損害,故極少使用手套。因兩年前本館曾對於貝類標本進行大規模的盤點及清潔,加上標本皆放於夾鍊袋或玻璃罐中,再保存於木櫃內,故目前對於標本並無須太多清整工作,僅於拍攝前用除塵紙擦拭。
(三) 測量標本
1. 測量工具
圖 6、標本量測標準 圖 7、標本量測工具-卡尺
2. 測量方式
以卡尺測量殼長、寬、高,量測至1㎜;以電子秤測量其重量,量測至1g。
(四) 紀錄
將測量所得資訊填入表中,包含標本尺寸及重量。
圖 12、紀錄表單
(五) 拍攝
1. 拍攝設備:
(1) Nikon 70s
(2) 1:1標準鏡頭
(3) 標準色溫之翻拍檯
(4) 80GB的隨身硬碟
(5) PC或NB
(6) 無痕黏土、3M隨手黏、四倍放大鏡圈、絨布與墊子
圖13、拍攝平台:Nikon 70s、1:1標準鏡頭、標準色溫之翻拍檯
圖14、左至右依序:無痕黏土、3M隨手黏、四倍放大鏡圈、絨布與墊子
2. 拍攝規範
歷年計畫影像處理因為需經數人進行作業,故需擬定影像處理規範,以期各資料檔的格式確保一致性。放置標本及拍攝原則
(1) 標本需置於鏡頭中央位置,上下左右需留邊界為宜。
(2) 貝類標本一般僅照正反兩面,但特殊情況(例如:採集者魚貝殼上註記、有特殊紋路…)除外。
(3) 殼口面以能展現最大殼口之方向為最佳。
(4) 拍攝方向維持一致(例如:殼口一律朝向拍攝者),方能維持數位化檔案之美觀及統一。
(5) 在品質上力求不失真且不可以有反光之聚光點。
3. 影像規格
(1) 原始檔格式:使用Nikon 70s拍出的檔案類型為NEF檔。
(2) 轉檔格式:
l 將nef檔轉檔為維度3008×2000的TIFF檔,,1200 dpi, 16 bit。
l 網路瀏覽檔為維度1600×1063的JPG檔,72 dpi。
l 網路預覽縮圖則為維度300×138的JPG檔,72 dpi。
4. 拍攝流程
(1) 白平衡
在拍攝標本前須先進行白平衡,也就是進行色溫校正工作。
圖 15、執行白平衡照
(2) 清潔絨布
在拍攝時會以絨布做背景,因此須先以3M隨手黏清潔絨布上所沾灰塵。
圖 16、清潔絨布照
(3) 黏土固定標本
由於貝類標本須拍攝正、反、頂等三部位,須先以無痕黏土固定之。
圖 17、無痕黏土固定標本照
(4) 拍攝
l 調整光圈及燈光
l 標本拍攝佔畫面約8成
l 是標本大小決定墊子的高度
圖 18、標本拍攝
(一) 影像修正:影像檔如有「標本角度歪斜、光線照射角度不佳、焦距未呈最銳利…」等問題,則立即重新拍攝。
(二) 影像轉檔:使用影像處理軟體將tif檔影像中背景布面上之灰塵刪去,務求底色單一且乾淨。
圖 19、上至下圖皆為影像修正照
以三種方式備份檔案
(一) 燒錄典藏光碟
(二) 儲存至本館之永久保存設備-磁碟陣列
(三) 上傳至可供利用之網站(例如:本館典藏管理系統、國家文化資料庫…等)
(一) 本館典藏數位化計畫
圖 圖20、本館典藏數位化計畫檢索系統查詢頁面
(二) 本館典藏管理系統
圖 21、上至下皆為本館典藏數位化計畫檢索系統查詢結果
圖22、本館典藏管理系統查詢頁面
圖 23、本館典藏管理系統檢索畫面
圖 24、本館典藏管理系統檢索結果
(三) 國科會-數位典藏 聯合目錄
圖25、數位典藏 聯合目錄首頁
圖26、數位典藏 聯合目錄查詢頁面
圖27、數位典藏 聯合目錄查詢結果
數位典藏國家型科技計畫內容發展分項計畫數位典藏工作流程調查表
單位:國立台灣博物館-典藏管理組-地學門 數位化物件名稱:貝類
子計畫名稱:數位典藏國家型科技計畫 分項計畫名稱:公開徵選計畫
主持人(負責人)(E-mail、Tel):方建能jnfang@ntm.gov.tw、 (02)2382-2699#630
聯絡人(E-mail、Tel):蘇建華/吳舜真cm_assistC@ntm.gov.tw、(02)23822699#633
程序 |
工作內容 |
操作人員(數量、專業能力之要求) |
硬體(名稱、版本、價格) |
軟體(名稱、版本、價格等) |
依循標準(技術規範、成品規格、品質要求…等) |
耗時 |
總結(困難、缺失、特色…等) |
成本估算 |
備註 |
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1 |
鑑定標本 |
1~2人,須具備鑑定貝類之能力 |
務求精準、無誤 |
每物種需5~10分鐘 |
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2 |
建立詮釋資料(metadata) |
1人,須具備中英輸入法,及office軟體的操作 |
PC |
Word 2000 Excel 2000 |
每筆需花3~5分鐘 |
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3 |
提領標本 |
2人,需具有專業的標本管理人及提領清單 |
每次需20分鐘 |
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4 |
測量標本尺寸 |
1人,須具備使用標準尺規之能力 |
卡尺 電子秤 |
量測至1㎜ 量測至1g |
每件標本約需3-10分鐘 |
其中有部分標本亦為極度脆落,必須花費較大的精神於量測上。 |
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5 |
拍照 |
具備操作像機的技巧;及翻拍檯之燈光的照射;標本的擺設 |
Nikon 70s 標準色溫之翻拍檯 1:1標準鏡頭 4倍放大鏡圈 80GB的隨身硬碟 PC |
Nikon Capture NX |
在品質上力求不失真且不可以有反光之聚光點。 |
每件標本約需5-10分鐘 |
在貝類拍照時,如貝類太小,常無法有標準色卡給於輔助,尤其是微小螺等,需要用及放大鏡或是顯微鏡輔助拍攝,拍攝耗時。 |
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6 |
拍攝結果 |
具備使用Nikon Capture NX基本操作能力 |
PC 80GB的隨身硬碟 |
Nikon Capture NX |
每張照片約需5秒 |
Nikon像機所照出來的影像有RAW格式 |
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7 |
影像處理 |
具備使用Photoshop基本操作能力 |
PC |
Photoshop CS |
務求底色單一且乾淨 |
每張約花5~10分鐘 |
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8 |
檢視拍攝結果 |
具美學概念 |
PC |
Photoshop CS |
在上述的過程中加以確認是否有不當之處 |
再檢查必須花費人力及時間一一的檢查,較為繁複的過程,但也是確任品質必要過程。 |
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9 |
存放檔案 |
典藏級圖檔 |
NEF |
具影像修改、繪圖之軟體操作能力 |
PC |
Photoshop CS Xn View |
相機原始不失真檔案 |
每張照片約需5~10秒 |
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TIFF |
1200 dpi. 16 bit, TIFF |
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網路用圖檔JPG |
1600x 1063 72 dpi, JPG |
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縮圖預覽用圖檔JPG |
300 x 138 72 dpi, JPG |
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10 |
上傳至檢索系統 |
須具備本館所使用的典藏目錄檢索系統之能力 |
PC |
需逐一登錄後再花人力去核對。 |
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11 |
備份檔案 |
具備網路基本操作 |
PC |
每1Gbity需1小時 |
購置設備昂貴 |
註:若程序多於七個,請複製本表使用
調查人:蘇建華/吳舜真 調查地點:國立台灣博物館 調查日期:97年06月19日
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