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國立自然科學博物館國家典藏數位化計畫 植物學典藏數位化計畫-台灣菌類子計畫 數位化工作流程

Tags: , , , , , , 發表: 2008-08-08, 點閱: 3,803 , 加入收藏櫃 , 列印 列印 , 轉寄 轉寄

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單位:國立自然科學博物館植物學組真菌學門

 

計畫主持人:吳聲華 研究員

 

共同主持人:王也珍 研究員

                      

                  周文能 助理研究員

 

計畫簡介

 

菌類在地球上泛存於空氣、水、土壤以及各類生物的體表或體內。菌類在分類上的歧異度頗大,種類也很多。就體型而言,可小如肉眼看不到僅數微米大小的酵母菌,到可有數公尺直徑的大型多孔菌。真菌共有的特徵可歸納如下:

 

(1)為真核性生物

 

(2)以腐生、寄生或共生的型式進行異營性生活

 

(3)細胞被覆細胞壁,此細胞壁成份主要為幾丁質

 

(4)多數真菌由菌絲形成菌絲體構成其體型,並可於菌絲產生孢子以完成有性或無性繁殖

 

菌類在生物中為調查較少的,有近七萬種被描述過(Hawksworth,1991)。估計世界上應有一百五十萬種的菌類,而已知種類竟不到百分之五。

 

自然科學博物館旨在設立國家級自然物的蒐藏與研究。對於這些自然證物的典藏與研究可建立本地生物資源調查的基礎,進一步可為生物多樣性與保育以及其他研究之用。這些資料並形成諸項決策之參考依據。

 

進入二十一世紀知識的彙整已大量使用電子資料庫,而知識的快速求取查詢也可藉由網站串連到相關資料庫方便達成。資料的電子數位化方式所能達成的廣度、深度以及迅捷度是傳統出版品所不能及的。由前所述真菌為重要生物資源,具有重要生態及應用意義。對於博物館所典藏的真菌標本,在時代的潮流下,實應將此資料加以整理並進行電子數位化。藉此相關知識可以快速提供外界查詢,以提昇科學研究與教育的雙重目的。

 

 

 

計畫目標:91年~95年預計數位化目標為:

 

在「臺灣菌類子計畫」之下,本計畫將以館藏菌類標本做為數位化的本體,

 

並發展延伸性資訊以為進一步的闡釋。

 

本計畫將進行三個項目的工作。

 

(一) 代表性典藏品數位化。納入介紹項目有野外彩圖、特徵描述、顯微構造圖、標示蒐藏、培養相片、培養特徵描述、超微構造、生態及分佈以及應用價值。

 

(二) 強化本館菌類標本資料庫的建構及查詢功能。

 

(三) 建立臺灣地區真菌模式標本資料庫。內容包含學名、出處、各項採集資料、發表文獻之數位化、存放狀況、圖片等。

 

工作流程說明

 



 


 

<目 錄>

 

 

 

一、 文字資料數位化

 

1. 確立物種名錄清單

 

由研究員挑選及提供年度預計欲數位化的菌類名錄清單,將這些物種名錄先做文字資料的處理。

 

 


2. 訂正各物種之學名及正式中文名正確性

 

先由研究員根據其專業判斷,訂正這些物種的學名及中文名稱是否正確。

 

3. 蒐集及建立各物種的特徵簡介

 

由研究員提供關於這些物種的資料或參考書目,再由助理彙整各物種的特徵簡介並輸入電腦。

 

 

 

將物種特徵簡介輸入電腦

 

4. 校正特徵簡介

 

請各主持人校正先前由助理所彙整輸入電腦的物種特徵簡介,以求達到文字敘述正確無誤。

 

5. 文字資料製作

 

將文字資料以Frontpage做成htm檔,之後會串聯數位化影像等一起上傳至科博館的數位典藏管理系統。

 

 

網頁資料輸入

 

6. 物種的metedata欄位分析

 

將物種資料進行解讀,釐清分類群關係及相關資訊,並將所分析的資料輸入電腦存檔備用。

 

7. 文字資料的metedata欄位分析

 

進行物種文字資料敘述檔的解讀與metedata欄位相關資訊分析。

 

 

物種資料metedatd欄位分析

 

 

 

 

文字敘述資料metedata欄位分析

 

8. 匯入數位典藏管理系統

 

將分析完畢的資料存檔,匯入由館內同仁與資料庫廠商合作公同開發的管理系統。

 

資料庫登入畫面

 


 

<目 錄>

 

二、 文獻資料數位化

 

1. 文獻資料清查

 

由主持人提供相關之參考文獻,並尋找分類相關聯的文獻。所參考文獻:有台灣高等真菌、台灣大型真菌、潛在食藥用真菌培養綵色圖鑑

 

2. 文獻資料分析建檔

 

先由助理解讀文獻,釐清楚分類群關係。之後再將分析完的文獻資料建檔輸入電腦。

 

3. 文獻資料metedata建檔

 

4. 匯入數位典藏管理系統

 

將所有完成的文獻資料匯入館內的資料庫中備用。

 

 

文獻資料分析圖表

 


 

<目 錄>

 

三、 生態影像數位化

1. 影像資料清查

向各主持人借調欲數位化物種的幻燈片,並依各主題特徵資料選取合適的幻燈片。

 

由助理清查影像資料

 

2. 生態幻燈片掃描

 

使用Nikon COOLSCAN 4000正負片掃描器將真菌標本的幻燈片掃描存入電腦,以600dpi,

 

800*600tif格式存檔。

 

Nikon COOLSCAN 4000正負片掃描器

 

3. 數位影像編修

 

使用軟體Adobe Photoshop6.0進行刮痕修補、清除雜點、顏色校正、銳利度修正等等工作,力求影像之完美

 

 

使用影像軟體修片

 


4. 影像Metedata資料分析

 

將影像資料與metedata欄位作統合性的分析。

 

 

5. 匯入數位典藏管理系統

 

將分析完畢的資料存檔,匯入由館內同仁與資料庫廠商合作公同開發的管理系統。

 

 

  


 

<目 錄>

 

四、 標本、標籤數位化

 

(一)標本標籤資料

 

目前科博館菌類標本蒐藏再一萬四千號以上。採集範圍包括台灣本島、蘭嶼、綠島、澎湖及金門地區。將在計畫時程內陸續將上述的標本影像數位化到電腦網路中,以提供各界的專家學者參閱瀏覽。

 

1. 標本資料清查

 

根據採集紀錄本或是標本館工作日誌來清查館藏菌類標本,並且把交換標本、複份標本流向語館藏的狀況作一調查,以確實了解菌類標本目前的情形。

 

 

 

清查館藏標本與蒐藏管理系統之資料


 (二)標本資料數位化

 

1. 標本資料篩選

 

由該物種蒐藏的標本中,選取具代表性且標本資料完整的標本來進行數位化。

 

自標本蒐藏櫃取出標本

 

2. 標本及標籤拍攝

 

以數位相機進行標本與標籤的翻拍

 

 

 

 


3. 標本及標籤影像處理

 

 

將拍攝後的影像輸入電腦,以Photoshop進行校色並調整成合適的影像(RGB/300dpi(2362*1772)JPG0

 

標本標籤校色

 

(三)資料輸入建檔

 

1. 資料匯出

 

將蒐藏管理系統標本的欄位資料轉出成Excel的檔案。

 

2. 匯出資料分析、補充

 

將從資料庫所匯出的EXCEL檔案進行分析,將檔案作些許補充與調整。例如:採集者資訊補充、物種資料補充、採集地點定位校正及GIS資訊建檔。

 

 

將資料匯出轉成Excel

 

 

將匯出的資料做補充

 

3. 文字資料匯入資料庫

 

將修正後的 Excel檔案匯入數位典藏管理系統。

 

4. 標本及標籤影像資料匯入資料庫

 

將影像資料依序匯入數位典藏管理系統中的影像資料庫中。待所有資料匯入完成後再將其串連,製作成網頁。

 

 

標本標籤影像匯入資料庫電腦畫面

 


 

<目 錄>

 

五、 數位化網頁組成

 

1. 查詢已匯入資料庫資料

 

將已匯入數位典藏管理系統的文字資料、文獻資料、生態影像、標本及標籤影像資料從資料庫中擷取出來。

 

擷取資料庫資料

 

2. 網頁版型的選取及套版

 

依據影像數量及尺寸大小選取畫面協調的版型作套版的工作

  

網頁套版

 

3. 建立分類群

 

依各物種的植株特徵,建立一般民眾能瞭解的分類群組。

 

網頁架構參與分類群組

 

4. 檢視網頁呈現

 

最後,將網頁呈現並檢視有無錯誤之處。

 

網頁呈現畫面





 

 

※製作單位:數位典藏國家型科技計畫   內容發展分項計畫 國立自然科學博物館國家典藏數位化計畫-植物學典藏數位化計畫-台灣菌類子計畫

 

※文字撰寫:國立自然科學博物館國家典藏數位化計畫-植物學典藏數位化計畫-台灣菌類子計畫助理 葉俊余

 

 

數位典藏國家型科技計畫 內容發展分項計畫 助理 陳冠伊

 

※圖文編輯:數位典藏國家型科技計畫 內容發展分項計畫

 

植物主題小組助理 陳冠伊

 

※部分圖片提供:國立自然科學博物館國家典藏數位化計畫-植物學典藏數位化

 

計畫-台灣菌類子計畫

 

感謝:參與【國立自然科學博物館國家典藏數位化計畫-植物學典藏數位化計畫-台灣菌類子計畫】之相關工作人員 葉俊余先生、陳秀珍小姐撥冗協助。

 

特別感謝計畫主持人 吳聲華研究員、王也珍研究員、周文能助理研究員指導。




 


 

<目 錄>









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